5歲的小男孩宗介與媽媽住在崖上的小屋，爸爸是一名船長所以甚少見面。有一天，一隻住在深海的人魚的小金魚偷偷離開她的家，乘著水母來到人類的世界，卻不慎卡在海洋垃圾裡的玻璃罐內，這時救了她的正是宗介。宗介把她取名為波兒，並決心要保護她。喜歡上宗介的波兒，開始想要變成人類。